听觉统合训练仪中耳包括锤、砧、镫3块人体最小骨及两块最小肌肉。当声音由外耳进入并刺激鼓膜，鼓膜的震动引起锤骨震动，转而依次震动砧骨、镫骨。震动的镫骨刺激耳蜗，引起声波在耳蜗内流动，刺激毛细胞，使听觉神经接受各种声音。两块小肌肉使3块小骨有一个合适的紧张度。另外，当接受高声刺激时，两块肌肉联合作用，限制听小骨的过度运动，结果是镫骨传递至内耳的冲击力受限，这就是声学反射。这对保护人类免受高声和噪音伤害是很重要的。　　

A听觉统合训练仪1T理论本理论着重于中耳在解释个体如何从数码听觉统合训练中获益方面起的作用。一种解释是：内耳固有的功能肌肉的紧张度不正常，数码听觉统合训练练习和加强了中耳肌肉，形成了良好的肌肉张力和有效的声音传递；另一种解释是中耳因疾患使两块小肌肉不能联合工作，不能形成声音反射，通过听非常刺激的、节律规整的音乐，这两块肌肉可以协同工作，从而形成声音反射。　　

听觉统合训练仪生化改变的理论越来越多的证据表明，一些孤独症患者脑内阿片肽肽活性升高，一些实验也表明其有不同的、无特征的内啡肽缺乏。通过分析脑脊髓内血流类阿片肽活性以及对阻断阿片肽活性药物的正性应答作用可以证实这一点。脑内释放B一内啡肽的区域可能是中脑下丘脑，该部位接受声觉传人而且有较多的阿片肽受体。　

目前，还没有实践经验支持这一假说，但有趣的是环丙甲羟二羟吗啡酮可以阻断13一内啡肽活性，尽管其在一定程度上可减少幻听，但由于其可加重精神分裂症患者不正常的社会行为而被禁用。同样，GuyBerard也已经论述不能对精神分裂症患者进行数码听觉统合训练，这将使他们的情况更糟。　　

既然脑阿片肽活性难于测量，这种假说还难以证实。然而，Dr．Panksepp现在对新生鸡进行数码听觉统合训练并检测它们脑内的生化变化。初步结果显示，在平常的、可调节的音乐环境中暴露10天，对影响大脑神经系统的化学物质系统有显著作用，特别对血液中的复合胺活性作用更显著。　　

听觉统合训练仪褪黑素假说最近研究证实，孤独症患者松果体褪黑素分泌没有正常的生理周期。褪黑素能帮助调整机体神经内分泌功能，包括睡眠方式和自身免疫，后两者在孤独症患者都是不正常的。研究者已能通过调节褪黑素分泌周期而加重自身免疫症状，这将能解释Guy发现的过敏症患者数码听觉统合训练后出现湿疹、花粉热、哮喘，也支持了其他人的工作，认为孤独症与自身免疫功能紊乱相关。